1955年生，1982年毕业于新疆大学物理系，获理学学士学位，1984－1987年硕士就读于新疆大学、西北大学和西安交通大学，获理学硕士学位。1992年1月－2000年7月留学和工作于联邦德国。1996年10月在德国海德堡大学理论物理研究所获理论物理博士学位。1996年11月至1997年3月在德国斯图加特大学第三计算机应用研究所从事计算数学博士后研究。1997年4月至2000年6月在欧洲分子生物学实验室（EMBL）从事生物物理博士后研究。2000年2月参与筹建中科院上海生命科学研究院生物信息中心，2000年7月回国到中科院上海生命科学研究院生物信息中心工作，
担任常务副主任， 主持日常工作。
从1997年以来一直使用神经网络、隐马尔可夫过程理论、统计物理等方法从事与DNA序列相关的软件开发研究，特别发展了时间序列的统计相关算法。独自研发的大规模、高通量、自动化的DNA序列分析专家系统被EMBL命名为LI-Tracker,分别运用于德、法、挪威等国的研究所和LION
Bioscience等生物技术公司。
回国后,承担了国家“九五”863计划“生物信息学数据库开发和建设”重大项目,作为首席科学家之一主持了中科院“生物信息学重大基础理论与应用”重大项目,
承担和主持了“十五”863“国家生物信息学基地建设”、“十五”863“生物信息学重大基础理论及应用”国际合作项目、十五”973“重大疾病相关蛋白质组学研究－生物信息技术平台”项目，“十五”973“交叉学科研究项目”和中国科学院“生物信息学数据库”是国家水稻基因组计划执行专家组成员，国家“十五”高技术发展计划（863计划）生物和现代农业领域生物信息技术主题专家组组长，中国科学院生命科学研究领域战略专家，上海市2002年度科学预见专家，国家科技部中－英e-Science国际合作项目中方协调人，中国细胞生物学会上海细胞生物学分会理事,负责上海细胞生物学分会生物信息学专业委员会的工作。2002年10月开始负责组建上海生物信息技术研究中心，现为上海生物信息技术研究中心主任。
目前主要研究方向为：生物信息学分析软件开发，生物信息数据库，基因组信息整合与分析，比较基因组研究、基因表达谱和基因调控网络分析，蛋白质质谱信息分析、蛋白质－蛋白质相互作用分析、基于基因组信息的药物作用靶标发现与确证，实验室信息管理系统设计和开发。
Publications from 1996-2002:
1. Yixue Li et al, 2001,3《Research on
several prediction methods of membrane protein structure and topology》, High
Technology Letters, 2001,3:1-4.
2． Yixue Li et al, 2001《An improved
algorithm for transmembrane protein prediction》：The Sixth International
conference for Yonger Computer Scientists, 2001,485-488.
3. Yixue Li et al, 2002《Evaluation of
prediction algorithms of membrane structure and topology》submitted and revised
to 《Protein Engineering》 .
4. Yixue LI et al, 2002. “Performance
Analysis of Methods that Predict Transmembrane Regions”, ACTA BIOCHMICA et
BIOPHYSICA SINICA, 34(3):285-290.
5. Yixue Li et al, 2002“Constructionof a
Proteomic Map Database”， ACTA BIOCHMICA et BIOPHYSICA SINICA, 34(2):209-214.
6. Yixue Li, C. Schwager, W. Ansorge, 2000,
“Using Neural Network for Lane-Tracking of DNA Sequencing Slab Gels”. Journal
of Biochemical and Biophysical Method, 45，65-74.
7. Yixue Li, C. Schwager, W. Ansorge.
2002. A New Algorithm for Automatic Tracking of DNA Sequencing Gels--Continuous
extrapolation of support points. (Submitted and Revised to 《Biomolecular
Engineering》).
8. Yu-Dong Cai, Yixue Li, Kuo-Chen Chou.
2000. Using neural networks for prediction of domain structural classes.
Biochimica et Biophsica Acta. 1476(2000) 1-2.
9. Yu-Dong Cai,Yixue Li, Kuo-Chen Chou.
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network". Advances in engineering software 30, 347-352.
10.J.Stegemann,R.Ventzki,H.Erfle,C.Schwager,K.Faulstich,V.Benes,J.Zimmermann,Yixue
Li and W.Ansorge. 1999.9. "5000 bases in a single sequencing reaction on
ARAKIS, towards 1 Mega base DNA sequencer with automated loading". The
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Cambridge, UK.
11. C.Schwager,Yixue Li,W.Ansorge. 1998.9.
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Sequencer". "The Fifth International Automation in Mapping and DNA
Sequencing Conference". St. Louis, USA.
12. D.W.Heermann,Yixue Li, K.Binder.
"Scaling solutions and finite-size effects in the Lifshitz-Slyozov
theory". Physica A,230(1996) , 132-148.
13. D.W.Heermann,Yixue Li. "A
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Juni 1993, IWR, University of Heidelberg, Germany.
14. Yixue Li et al, 2002, ?A HMM-based method
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16. 刘琪, 朱贻盛, 王保华, 李亦学. 基于动态规划的跨膜蛋白疏水图比对研究.
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